Выйдя за рамки предназначенной им деятельности, комиссии превратились в научные общества, решавшие задачи изучения местной истории. Комиссии носили характер полуобщественной и полуправительственной организаций и существовали за счёт добровольных пожертвований, государственных субсидий и членских взносов.

Попытка создания Воронежская учёная архивная комиссия предпринималась в 1886 году. Учреждена 01.12.1900 года по инициативе Леонида Михайловича Савёлова. Первым правителем дел стал секретарь Воронежского губернского статистического комитета Михаил Николаевич Былов, с 1901 года бессменным правителем дел и фактическим руководителем комиссии являлся Стефан Егорович Зверев. С 1914 года Воронежская учёная архивная комиссия находилась под покровительством императора Николая II. В октябре 1916 года в ведение Воронежской учёной архивной комиссии перешёл губернский музей.

К концу своего существования Воронежская учёная архивная комиссия насчитывала более 200 членов, из них наиболее активными были Александр Иванович Мартинович, Александр Иванович Милютин, Михаил Клавдиевич Паренаго, Фёдор Иванович Поликарпов, Владимир Николаевич Тевяшов, Александр Дмитриевич Фаддеев, Владимир Дмитриевич Языков и другие. Почётными членами Воронежской учёной архивной комиссии являлись историки В.О. Ключевский, Дмитрий Иванович Багалей, Евгений Францевич Шмурло и другие.

Основные направления деятельности Воронежской учёной архивной комиссии заключались в организации губернского исторического архива и издании соответственных материалов, изучении истории, этнографии и археологии края, принятии мер к охране памятников старины, проведении просветительной работы.

Воронежская учёная архивная комиссия издала 4 выпуска своих «Трудов» (1902-1908), в которых опубликовано значительное количество архивных источников, а также научные статьи по различным аспектам местной истории. Издавались также ежегодные «Отчеты ВУАК». Интенсивной была работа по археологическому изучению Воронежской губернии, увенчавшаяся ценными находками, в том числе при раскопках, так называемых Частых курганов (1911).

Воронежская учёная архивная комиссия организовывала публичные лекции, празднование юбилеев выдающихся событий и лиц местного и общенационального масштаба. Ею проведены выставки (с изданием каталогов), посвященные 200-летию Полтавской битвы (1909), Алексею Васильевичу Кольцову (1910), Ивану Саввичу Никитину (1911), Николаю Ивановичу Костомарову (1911), Евфимию Алексеевичу Болховитинову (1912), 100-летию Отечественной войны 1812 года (1912), а также так называемая Патриотическая (1916).

Благодаря деятельности Воронежской учёной архивной комиссии в начала XX века в Воронежской губернии были заложены организационные основы историко-краеведческого движения.

Председатели: Евгений Львович Марков (1900-1903), Алексей Иванович Урсул (1903-1908), граф Пётр Николаевич Апраксин (1908-1912, 1914-1916), Сергей Иванович Голиков (1912-1914).