Воронежская обер-комендантская провинция делилась на уезды. Первоначально в провинцию вошли 25 приписанных к строительству флота городов, в 1711 году их стало 31: город Воронеж, город Усмань, город Демшинск, город Орлов, город Землянск, город Чернавск, город Костёнск, город Ольшанск, город Коротояк, город Урыв, город Острогожск, город Елец, город Талецкий, город Чернь, город Ефремов, город Сокольск, город Добрый, город Романов, город Белоколодск, город Скопин, город Лебедянь, город Данков, город Борисоглебск, город Битюг, город Валуйки, город Тополи, город Полатов, город Усерд, город Чугуев, город Новый Оскол, город Верхососёнск. В 1711 году из Воронежской обер-комендантской провинции в Тамбовскую провинцию отошли город Ряжск и город Сапожок, в 1712 году - город Борисоглебск.

Указа об учреждении обер-комендантской провинций издано не было, они возникали под влиянием удаленности от губернского центра.

Встречаются другие названия провинции - города «к Воронежскому флоту», «приписные к Воронежу», «Воронежского присутствия», «Воронежского правления», которые «определены к Воронежу», «в ведении к Воронежу».

Воронежская обер-комендантская провинция управлялась обер-комендантом. В 1715 году вместо провинции введена Воронежская доля.