Флаг Филоновского сельского поселения создан на основе герба Филоновского сельского поселения и языком символов и аллегорий отражает исторические и природные особенности Филоновского сельского поселения Богучарского муниципального района Воронежской области.
Официальное описание флага Филоновского сельского поселения
«Прямоугольное двухстороннее полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, в нижней половине которого изображён жёлтый холм, в центре которого изображена фигура геральдического камня малинового цвета, а над холмом изображен жёлтый фазан, летящий к верхнему углу древка (все фигуры из герба Филоновского сельского поселения)»

Флаг Филоновского сельского поселения утверждён решением Совета народных депутатов Филоновского сельского поселения Богучарского муниципального района Воронежской области от 19 мая 2015 года за №267.
Направлен на регистрацию в мае 2015 года для внесения в Государственный геральдический регистр Российской Федерации.
Внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №10363.
Протокол Государственной регистрации №75 от 26 мая 2015 года (город Санкт Петербург).
Флаг Филоновского сельского поселения внесён в регистр геральдической комиссии при губернаторе Воронежской области в июне 2015 года под №193.
Раскрытие символики флага Филоновского сельского поселения
Административный центр Филоновского сельского поселения село Филоново расположено в 18 километрах от города Богучар. Бывший хутором Филоново известно с 1740 года, как дачное место жителей города Богучар. Основные отрасли хозяйствования: животноводство, растениеводство, птицеводство.
Символика флага Филоновского сельского поселения многозначна. Фазан, как и павлин в представлениях средневековой символики ассоциируется с Фениксом - птицей счастья, возрождения из небытия, символа достижения невозможного. Фазан своим красивым оперением подобен сказочной Жар-птице, символизирует красоту, сказочность, загадку. В гербе поселения фазан является символом стремления к новым вершинам, к созиданию новой жизни. Жёлтый холм - символ рельефа местности земель поселения. Фиолетовая фигура геральдический камень - символизирует разработку залежей гранита.
Жёлтый цвет - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. Синий цвет - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Фиолетовый цвет - символ власти, славы, почёта, благородства происхождения, древности.
Авторская группа
Идея флага: Константин Фёдорович Мочёнов (город Химки).
Обоснование символики: Вячеслав Васильевич Мишин (город Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Ольга Германовна Салова (город Москва), Наталья Кудря (город Москва).