Флаг Новохопёрского муниципального района создан на основе герба Новохопёрского муниципального района и языком символов и аллегорий отражает исторические и природные особенности Новохопёрского муниципального района Воронежской области.
Официальное описание флага Новохопёрского муниципального района
«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, волнисто разделенное по горизонтали на белую и синюю полосы равной ширины, воспроизводящее в центре фигуры из герба: жёлтое видимое сверху укрепление (крепость) о четырёх бастионах (один, два и один); пространство внутри укрепления волнисто пересечено синим и белым; внутри крепости - зелёный выходящий стебель водяного ореха с одним белым цветком и двумя такими же бутонами; листы, отходящие от стебля, оплетают стены укрепления между бастионами»

Флаг Новохопёрского муниципального района утверждён решением районного Совета народных депутатов Новохоперского муниципального района Воронежской области от 12 сентября 2006 года за №18/17.
Направлен на регистрацию в сентябре 2006 года для внесения в Государственный геральдический регистр Российской Федерации.
Внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №2617.
Протокол государственной регистрации №33 от 31 октября 2006 года (город Санкт-Петербург).
Флаг Новохопёрского муниципального района внесён в регистр геральдической комиссии при губернаторе Воронежской области в мае 2007 года под №40.
Раскрытие символики флага Новохопёрского муниципального района
Новохопёрский муниципальный район расположен в восточной части Воронежской области. В 1710 году на месте Пристанского казачьего городка по указу Петра I была заложена Хопёрская земляная крепость (названная затем Новой Хопёрской), сооружение которой завершилось в 1716 году. По воле Петра I здесь заложили и спустили на воду 6 боевых судов первой в России Азовской военной флотилии.
Новая Хопёрская крепость показана в гербе золотым укреплением о четырёх бастионах. Изображение крепости, подобное ромбу, встречается на первом регулярном плане города Новохопёрска, утверждённом в 1806 году. Крепость в геральдике - символ предусмотрительности, защиты от любых нападений. В Новохоперском районе расположен Хопёрский государственный природный заповедник. Заповедник богат редкими видами животного и растительного мира. Один из них - водяной орех (чилим), занесённый в Красную книгу, символизирует живописность и уникальность природы Новохопёрского района. Хопёрский заповедник является эталоном природы центрального Черноземья. По территории района протекает река Хопёр - одна из красивейших и чистых рек Европы. Вдоль этой удивительной и хрустально чистой реки расположена территория заповедника. Река Хопёр показана в гербе лазоревым полем, а уникальные качества её воды отражены сочетанием лазоревого цвета и серебра. Перемена цвета внутри крепости показывает многочисленные озёра, расположенные на территории Новохопёрского района.
Жёлтый цвет - символ богатства, уважения, интеллекта, стабильности. Белый цвет - символ мира, взаимопонимания, чистоты. Синий (голубой) цвет - символ возвышенных устремлений, мышления, искренности и добродетели. Зелёный цвет - символ возрождения, природы и плодородия, здоровья.
Авторская группа
Идея флага: Константин Фёдорович Мочёнов (город Химки).
Обоснование символики: Юрий Владимирович Коржик (город Воронеж).
Художник и компьютерный дизайн: Роберт Иванович Маланичев (город Москва), Галина Анатольевна Русанова (город Москва).