Флаг Панинского муниципального района создан на основе герба Панинского муниципального района и языком символов и аллегорий отражает исторические и природные особенности Панинского муниципального района Воронежской области.
Официальное описание флага Панинского муниципального района
«Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее смещённые к древку фигуры герба района: жёлтый сноп, продетый в графскую корону и под ним чёрный, бьющий хвостом кит»
Флаг Панинского муниципального района утверждён решением районного Совета народных депутатов Панинского муниципального района от 04 мая 2006 года за №33.
Направлен на регистрацию в мае 2006 года для внесения в Государственный геральдический регистр Российской Федерации.
Внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №2312.
ротокол государственной регистрации №32 от 28 июня 2006 года (город Санкт-Петербург).
Флаг Панинского муниципального района внесён в регистр геральдической комиссии при губернаторе Воронежской области в мае 2007 года под №29.
Раскрытие символики флага Панинского муниципального района
Панинский район расположен в северо-восточной части Воронежской области. Административный центр - рабочий поселок Панино - получил название по владелице этих земель графине Паниной, что отражено в гербе графской короной и китом - основным элементом родового герба Паниных. С Панинским районом связаны имена графини Паниной Софьи Владимировны - крупной благотворительницы и товарища (помощника) министра социального призрения во Временном правительстве, и Панина Виктора Никитовича - министра юстиции в 1841-1861 годах, автора идеи государственного межевания.
Символика кита в гербе многозначна. Кит - символ мощи, значительности, важного, первоосновы, символ колоссального в природе. Район знаменит образцовым чернозёмом. В 1890 году на территории Панинского района в качестве эталона российского чернозема был отобран почвенный монолит размером 7х2х1 метр, который долгое время находился во французском городе Севр в Международном бюро мер и весов. Остатки этого монолита, за свои размеры получившего название «Монстр», находятся в одном из парижских музеев. Чёрный геральдический кит, аллегорически показывающий в гербе этот огромный монолит чернозёма, символизирует знаменитые панинские чернозёмы, являющиеся основой устойчивого развития сельского хозяйства района. Основа экономики района - сельское хозяйство, что отражено в гербе снопом. Здесь не только выращивают различные виды зерновых и технических культур, но и развиты предприятия переработки. Сноп - традиционный символ плодородия, дружбы, общности интересов.
Жёлтый цвет - это цвет солнца, скрытых сокровищ и богатства, эликсира жизни, символизирует богатство, величие, уважение, великолепие. Чёрный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия. Красный цвет - символ мужества, силы, труда и красоты.
Авторская группа
Идея флага: Константин Фёдорович Мочёнов (город Химки).
Обоснование символики: Юрий Владимирович Коржик (город Воронеж).
Художник и компьютерный дизайн: Оксана Григорьевна Афанасьева (город Москва).