Районный центр - село Водопьяновское.

Водопьяновский район образован в соответствии с Постановлением Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета РСФСР от 18 января 1935 года из сельских советов Липецкого района.

По Указу Президиума Верховного Совета РСФСР от 06 января 1954 года Водопьяновский район передан в состав Липецкой области.