Флаг Хохольского муниципального района создан на основе герба Хохольского муниципального района и языком символов и аллегорий отражает исторические и природные особенности Хохольского муниципального района Воронежской области.
Официальное описание флага Хохольского муниципального района
«Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 несущее посередине фигуры герба - четыре жёлтых дубовых листа»

Флаг Хохольского муниципального района утверждён решением Совета народных депутатов Хохольского муниципального района от 31 марта 2006 года за №29.
Направлен на регистрацию в апреле 2006 года для внесения в Государственный геральдический регистр Российской Федерации.
Внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №2263.
Протокол государственной регистрации №31 от 18 мая 2006 года (город Санкт-Петербург).
Флаг Хохольского муниципального района внесён в регистр геральдической комиссии при губернаторе Воронежской области в мае 2007 года под №18.
Обоснование символики герба Хохольского муниципального района
Районный центр - село Хохол возникло в 1665 году. Своё название село получило от реки Хохол. По преданию (легенде) первые поселенцы построили свои дома у дуба, имевшего развесистую крону, похожий на птичий хохол.
Согласно другой версии, термин «Хохол» пошёл от кочевников и означает «сине-жёлтый». Обе версии возникновения села нашли своё отражение в флаге Хохольского муниципального района.
Голубой цвет - символ чести, славы, преданности, истины, красоты природы, добродетели и чистого неба. Жёлтый цвет - символ прочности, величия, урожая, изобилия, разума, великодушия.
Авторская группа
Идея флага: Сергей Иванович Афанасьев (посёлок городского типа Анна), Константин Фёдорович Мочёнов (город Химки).
Обоснование символики: Юрий Владимирович Коржик (город Воронеж).
Художник и компьютерный дизайн: Юрий Владимирович Коржик (город Воронеж).